1792-1800 Toutes les Académies sont officiellement supprimées par la Convention en 1793. Aucune réunion n'a donc lieu, chacun s'attachant à des préoccupations plus immédiates.
A partir de 1800, l'académie se reconstitue grâce au Préfet Dugua, d'abord sous le nom de "Lycée", puis en reprenant dès 1802 son ancienne dénomination d' "Académie" (avec officiellement un objet élargi aux Sciences et aux Arts).
Les Statuts prévoient à nouveau 36 sièges numérotés; 11 de ces sièges sont occupés par d'anciens Académiciens d'avant la Révolution.
Les réunions se tiennent à la Préfecture, puis derechef à l'Hôtel d'Escoville et dans les locaux du nouvel Hôtel de Ville Place de la République.
Au cours des XlXe et XXe siècles, l'activité académique connaît heureusement une moindre agitation que précédemment : elle reste continue jusqu'à nos jours malgré toutes les vicissitudes politiques ou militaires ; des " MEMOIRES " paraîtront assez régulièrement, surtout à partir de 1811, avec une périodicité le plus souvent annuelle.
La Compagnie sera reconnue " D'UTILITÉ PUBLIQUE " par Napoléon III en l853, ce qui rendra possibles les dons et legs, ces derniers destinés à la dotation de plusieurs prix (Le Sauvage, Dan de la Vauterie, Lair, Moulin, de La Codre) qui seront distribués jusque dans les années 1930, après quoi ils disparaitront, victimes des dépréciations monétaires.
Beaucoup de titulaires ou d'associés ont laissé un nom dans l'histoire locale ou nationale. Qu'il suffise de rappeler parmi les titulaires les fondateurs des prix mentionnés ci-dessus , ainsi que le P. Jamet, fondateur du Bon Sauveur et d'une école de sourds-muets, le poète Le Flaguais, et les universitaires Charma, Hippeau, Travers, Gasté, Prentout, Lavalley, Morière, Robillard de Beaurepaire sans oublier le maire Bertrand, le collectionneur Mancel ni le célèbre Arcisse de Caumont.
L'Académie s'est aussi largement ouverte aux associés de toutes disciplines, on peut relever les noms de : Desgenettes, Laplace, Lacépède, Octave Feuillet, Camille Flammarion, Léopold Delisle, aussi bien que ceux de Lamartine, Tocqueville, Boucher de Perthes, Leverrier, ou plus près de nous le mathématicien Henri Poincaré, Guimet, le fondateur du musée, et même Paul Deschanel en tant qu'Académicien Français.